1.費氏弧菌發光桿菌鑒定的方法和步驟是什么?
菌種鑒定一般就只要提取基因組DNA,然后PCR擴增16srDNA上GeneBank或者Eztaxon對比即可。一般序列相似度在97%以上就可以認為是同種細菌(當然也有例外,DNA序列僅僅是一個參考指標)。
2. 微生物的菌種鑒定可以鑒定到“株”一級嗎?
如果你的菌株是自然界中分離得到,就只能鑒定到種,不能鑒定到株,因為多多少少和其他株系的細菌有區別,即便你做了一些特征的鑒定,發現和某一株細菌一模一樣,你也沒有理由說你的細菌就是那一株細菌,因為你不可能把所有的特征都做完,株和株之間的關系就相當于不同的人之間的關系,世界上不可能有*相同的兩個人。除非你知道你的細菌本來就是某一株細菌擴增出來的(而且要保證沒有變異,否則就是一個新株),可是這樣就沒必要鑒定了。
3.為什么鑒定出來的菌種跟我想象的相差太大?
答:我們菌種鑒定使用PCR直接擴增的方法,即以客戶提供的菌株為模版直接進行PCR擴增,中間不經過傳代培養,因此不會引入新的污染,如果出現結果不一致的情況,一般有以下原因導致:
1、您提供的樣品未經過三次分離純化,含有其他雜菌;
2、您提供樣品的情況確認如此。
建議您提供三次純化的菌株重新進行鑒定。
4.為什么有時會出現PCR擴增不出的現象;
答:擴增不出的原因主要有以下幾種:
1、您提供的菌種從嚴格意義上講不是細菌或者真菌,或者是信息有誤;
2、您提供的菌種為革蘭氏陽性菌,由于細胞壁較厚,采用常規方法不能有效地破壁;
3、培養基或菌體中表達產物含有抑制PCR產物的組份。對于第二種或第三種情況需要提供基因組DNA。
5.PCR擴增直接測序為什么會出現套峰的現象;
答:1、測序結果個別堿基出現N,是由細菌rDNA多態性造成,對菌種鑒定沒有無影響;
2、所有測序反應均出現大面積套峰,是由于您提供的樣品模版不純造成的。
費氏弧菌發光桿菌這種情況需要重新純化菌種。
6.PCR產物克隆測序為什么會出現結果分離的現象?
答:我們以菌種為模版直接進行PCR擴增,然后對PCR產物進行克隆測序,如果出現2種或以上的測序結果,說明您提供的模版不單一,即菌種不純,含有其他雜菌,這種情況建議您將菌種重新進行三次以上純化。
7.菌種鑒定可以鑒定到種嗎?
答:利用rRNA的保守區域進行鑒定只是菌種鑒定的一個分子生物學指標,通過鑒定結果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪個種屬比較接近。如果費氏弧菌發光桿菌鑒定至種,還需要DNA雜交、基因組GC含量、生理生化指標等來綜合判斷。
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費氏弧菌發光桿菌
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